臺灣周邊海域漁場環境監測計畫（TaiCOFI）
水產試驗所自2003年起推動臺灣周邊海域漁場環境監測計畫（Taiwan Cooperative Oceanic Fisheries Investigations, TaiCOFI），在臺灣周邊海域設置62個測站，每季蒐集水溫、鹽度、營養鹽（包括硝酸鹽、亞硝酸鹽、磷酸鹽、矽酸鹽）及葉綠素甲等數據。
近年來，氣候變遷導致海水溫度上升，魚類棲息環境受到衝擊，不僅影響魚群洄游的時間與路徑，暖水性與冷水性魚種的分布界線也隨之改變，甚至造成漁場縮小或消失。水溫、鹽度與基礎生產力等水團特性，正是影響漁場與漁期的重要關鍵。然而過往臺灣的相關研究多集中於短期或局部海域，觀測線或觀測點常隨計畫主題改變，且多數方向以海洋物理、海洋化學為主，對漁業研究的直接應用有限，本所因而制定臺灣周邊海域漁場環境監測計畫。希望透過長期、全面性之調查來了解臺灣周邊海域長期水文、海況及漁場環境時空分布資訊。
各測站樣區之中心點位
時間與頻度為每年每季採樣一次
| 測站編號 | 緯度(°N) | 經度(°E) | 測站編號 | 緯度(°N) | 經度(°E) |
| 01 | 24.90 | 122.00 | 32 | 22.00 | 120.50 |
| 02 | 25.00 | 122.50 | 33 | 22.40 | 120.30 |
| 03 | 25.00 | 123.00 | 34 | 22.50 | 120.00 |
| 04 | 24.50 | 122.50 | 35 | 22.50 | 119.50 |
| 05 | 24.50 | 122.00 | 36 | 22.50 | 119.00 |
| 06 | 24.00 | 121.70 | 37 | 23.00 | 119.00 |
| 07 | 23.75 | 122.00 | 38 | 23.00 | 119.50 |
| 08 | 23.75 | 122.50 | 39 | 23.00 | 120.00 |
| 09 | 23.75 | 123.00 | 40 | 23.50 | 120.00 |
| 10 | 23.00 | 123.00 | 41 | 23.50 | 119.50 |
| 11 | 23.00 | 122.50 | 42 | 23.50 | 119.00 |
| 12 | 23.00 | 122.00 | 43 | 24.00 | 119.00 |
| 13 | 23.00 | 121.50 | 44 | 24.00 | 119.50 |
| 14 | 22.70 | 121.20 | 45 | 24.00 | 120.00 |
| 15 | 22.25 | 121.00 | 46 | 24.50 | 120.50 |
| 16 | 22.25 | 121.50 | 47 | 24.50 | 120.00 |
| 17 | 22.25 | 122.00 | 48 | 24.50 | 119.50 |
| 18 | 22.25 | 122.50 | 49 | 25.00 | 120.00 |
| 19 | 22.25 | 123.00 | 50 | 25.00 | 120.50 |
| 20 | 21.50 | 123.00 | 51 | 25.00 | 121.00 |
| 21 | 21.50 | 122.50 | 52 | 25.50 | 120.50 |
| 22 | 21.50 | 122.00 | 53 | 26.00 | 121.00 |
| 23 | 21.50 | 121.50 | 54 | 25.50 | 121.00 |
| 24 | 21.50 | 121.00 | 55 | 25.50 | 121.50 |
| 25 | 21.50 | 120.50 | 56 | 26.00 | 121.50 |
| 26 | 21.50 | 120.00 | 57 | 26.00 | 122.00 |
| 27 | 21.50 | 119.50 | 58 | 26.00 | 122.50 |
| 28 | 21.50 | 119.00 | 59 | 26.00 | 123.00 |
| 29 | 22.00 | 119.00 | 60 | 25.50 | 123.00 |
| 30 | 22.00 | 119.50 | 61 | 25.50 | 122.50 |
| 31 | 22.00 | 120.00 | 62 | 25.50 | 122.00 |
實驗方法
1. CTD 溫鹽調查：
採用Seabird SBE-911PLUS 溫鹽深儀（CTD），每測站均投放至1000 m (水深不足之測站則以實際水深少10 m為原則)，取得溫深鹽之連續資料。
2. 分層採水：利用General Oceanics之自動採水瓶，採取5、25、50、75、100、150 m 等水層之海水各2000 mL。
3. 葉綠素甲測定：取各層海水1000 mL，利用Millipore 濾紙過濾後，以-20℃急速冷凍保存，再攜回實驗室檢測。
4. 營養鹽類測定：分別收集各層海水100 mL，以液態氮(-196℃)急速冷凍保存後，再攜回實驗室檢測。
樣本實驗檢測流程
營養鹽、葉綠素及基礎生產力之測定流程
取各水層水樣急速凍結保存後，分析各水層之硝酸（nitrate）、亞硝酸（nitrite）、磷酸（phosphate）、矽酸（silicate）等營養鹽，另外將濾畢各層海水之濾紙以丙酮 溶解萃取出葉綠素分析其葉綠素甲濃度；利用光暗瓶溶解氧法，分析臺灣周邊海域之基礎生產力(primary productivity)。
1. 硝酸鹽及亞硝酸鹽測定：
硝酸鹽以氯化釩還原與偶氮分光光度法測定。三合一混合藥劑中的氯化釩會將硝酸鹽還原成亞硝酸鹽，亞硝酸鹽將與混合藥劑中的格瑞氏試劑呈色，之後於分光光度計上以543 nm測定吸光值。另取同樣試水不經氯化釩還原，使用格瑞氏試劑直接測定水中之亞硝酸鹽濃度，將經過氯化釩還原之數值扣除水中亞硝酸鹽之濃度後計算水中硝酸鹽濃度。
2. 磷酸鹽測定：磷酸鹽以磷鉬藍分光光度法測定，將水樣分別加入硫酸鉬與抗壞血酸，待橙色後使用分光光度計以波長880 nm測定吸光值，並計算水中磷酸鹽濃度。
3. 矽酸鹽測定：矽酸鹽以矽鉬藍分光光度法測定，將水樣依序加入條配好之硫酸鉬、檸檬酸與抗壞血酸，混合完成後使用分光光度計以波長810 nm測定期吸光值，並計算水中矽酸鹽濃度。
4. 葉綠素甲測定：於海上各測站以採樣瓶採集各水層水樣。將該水樣進行真空過濾，過濾後的濾紙以冷凍方式帶回實驗室。加入丙酮後放入烘箱（4℃），經24小時後取出上清液，在665 nm及435 nm波長下以微盤分析儀測定其螢光值（F0），再將此上清液加入1N、30 μL的HCl，混合均勻、酸化3分鐘後再測其螢光值（Fa），最後依公式計算出葉綠素甲濃度。
